故事发生在2023年的中国，十五年前巨大不明生物体Maryway伪装成陨石袭击地球，奥特曼与米利尼安两位战士截击Maryway失败，怪兽坠落到日本海，地轴偏斜，引起巨大海啸，湮没日本岛及中国大陆部分沿海城市，地球气象剧变，十五年间超过1/3陆地沙漠化。而米利尼安则坠落到了甘肃敦煌月牙泉的沙漠，躯体被黄沙掩埋。15年后，地球军方受到神秘组织S指引成立BASE，果然新的巨型生命体再次来袭，当年坠落地球的米利尼安将自己附身于一个叫李千禧的年轻人身上，善良的李千禧是兰州游乐场的一名员工，但他并不知道自己体内存在米利尼安。当游乐场被怪物袭击的时候，危急之下引发了李千禧的变身能力，巨大的奥特曼出现在怪物和人类面前。不知情的人类以为奥特曼是另外一个怪物，绝望逃生中发现奥特曼是在帮助人类。奥特曼和怪兽，以及另一位黑色的奥特曼的战斗随即展开……
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- 第四十章 大梦初醒
- 第三十九章 最终决战
- 第三十八章 女娲补天
- 第三十七章 绝密档案
- 第三十六章 贝塔胶囊
- 第三十五章 瞒天过海
- 第三十四章 逆转未来
- 第三十三章 毁灭之日
- 第三十二章 前世今生
- 第三十一章 超人计划
- 第三十章 智勇双雄
- 第二十九章 龙潭虎穴
- 第二十八章 血战长空
- 第二十七章 黑暗命运
- 第二十六章 三类接触
- 《千禧奥特曼：超人计划》正文
- 第一章 太空追击
- 第二章 异常天象
- 第三章 西部乐园
- 第四章 怪兽来袭
- 第五章 超人觉醒
- 第六章 初次交锋
- 第七章 世外桃源
- 第八章 千禧魔棒
- 第九章 意外之邀
- 第十章 沙漠深处
- 第十一章 特殊检查
- 第十二章 战训基地
- 第十三章 天降巨蛹
- 第十四章 黑色巨人
- 第十五章 人造人类
- 第十六章 仇人相见
- 第十七章 新型武器
- 第十八章 外星入侵
- 第十九章 杀父之仇
- 第二十章 千钧一发
- 第二十一章 女娲计划
- 第二十二章 编号十三
- 第二十三章 地下城市
- 第二十四章 神秘组织
- 第二十五章 蓝色血液
- 第二十六章 三类接触
- 第二十七章 黑暗命运
- 第二十八章 血战长空
- 第二十九章 龙潭虎穴
- 第三十章 智勇双雄
- 第三十一章 超人计划
- 第三十二章 前世今生
- 第三十三章 毁灭之日
- 第三十四章 逆转未来
- 第三十五章 瞒天过海
- 第三十六章 贝塔胶囊
- 第三十七章 绝密档案
- 第三十八章 女娲补天
- 第三十九章 最终决战
- 第四十章 大梦初醒