广东虽然富庶，但也仅仅局限于广州平原，其余肇庆、高州、韶州、南雄等州府都为山地，粮食作物产量不高，自尚之信反复后，更是兵灾连年，而福建自古就有八山一水一分田之说，沿海的百姓都以捕鱼为生，自国姓退守东番后，清廷就历行迁界净海的国策，这导致了两省地方百姓食不果腹，民无衣食所养。
因为广东和福建的特殊地理和历史因素，马仲英考虑再三后，同样以中书省左丞相的名义免除了两省百姓一年的农税，并要求陈秉文和赵安民在两省大力推广甘蔗、玉米、番薯以及水稻等农作物，推动两省的传统产业，例如佛山的炼铁业，福建的制糖和茶业，总而言之就是尽快令这两省恢复民气。
至于浙省，马仲英倒没有过多要求，毕竟浙江乃是鱼米之乡，富庶之地，只要不瞎折腾，就不会出什么乱子。
为了恢复地方，马仲英免除了闽、浙、粤三省一年的农税，这就令本来看似充足的府库变得捉襟见肘起来，为了应付可能和清军的长期相持，马仲英决定在商税上做文章。
明朝商税主要分为这几种，明初砍柴，盐，鱼，酿酒，做醋，摆摊都要收税。按制凡税课，徵商估物货;抽分，科竹木柴薪;河泊，取鱼课。又有门摊课钞，领于有司。
明太祖时期，征酒醋之税，收官店钱。即吴王位，减官店钱，改在京官店为宣课司，府县官店为通课司。宣德朝新增行商过关税，即设置了钞关，成为了日后征集商税的主要来源。
商税的税率同样是采用“三十税一”的比例，“凡商税，三十而取一也，过者以违令论。”繿
此外各省蔬果园不论官私种而鬻者，塌房、库房、店舍、居商货者，骡驴车受雇装载者，务必悉令纳钞。委御史、户部、锦衣卫、兵马司官各一，于城门察收。舟船受雇装载者，计所载料多寡、路近远纳钞。也正是明太祖着力于对商税的控制，这才有了明成祖的永乐盛世。
只不过自土木堡之变后，文官势力抬头，朝堂上的衮衮诸公们高举着孔孟之道的大旗，对国家税制横加干预，甚至将朝廷收商税比作与民争利。
因此明朝的工商业虽然非常发达，但商税却越来越低，原因就是商人阶层和士大夫阶层相勾结，结成了利益共同体。在朝的士大夫代表着商人阶级的利益，
在士大夫阶层的推动下，明朝的商税一降再降，竟然从百分之三降到了百分之一不到，几乎就和不交税没有区别。奇书屋
即便是这样，底层的商人还在不断地偷税漏税，导致朝廷税收流失严重。比如茶税，云南、福建等产茶大省收的税，简直低到了荒谬绝伦的程度。
….嘉靖时期四川课税的茶叶数量超过五百万斤，可是一年征收的茶税不到两万两。而浙江的茶叶税收竟然只有可怜的六两，云南为十七两。商人阶层偷税漏税情况和明朝的税率之低可想而知。
与此同时，东南的士大夫阶层甚至勾结海商、倭寇，从事走私贸易活动，每年赚取巨额的财富。而由于海商垄断了海洋贸易，在士大夫阶层的帮助下疯狂走私，明朝根本收不到什么税，赚取的银子都进了海商和士大夫阶层的腰包里。繿
明永历十三年，伪清为了筹集三路入滇的钱粮，顺治在东南搞清欠，半年不到，清廷就筹集了近亿两的白银，这也从侧面体现了江南士绅集团偷税漏税到何种程度了。
商税是一方面，盐税和矿税则是另一方面。
按明朝的“纲盐制”规定，持有盐引者按地区分为十个纲，每纲盐引为二十万引，每引折合盐三百斤或银六钱四厘，称为窝本，另税银三两，运输银三两三钱。以“圣德超千古，皇风廓九围”命名，未入纲者，无权经营盐业，故盐税收入一直是大明朝的主要财政收入之一，每年税收达四百万两。
天启七年，朱由校大行，魏忠贤倒台，东林党首领、北直隶通州富商李三才接任淮扬巡抚后，明朝两淮的盐税收入当年便急跌至不足一百万两，并且逐年递减，至崇祯十三年，两淮的盐税已不足五十万两，也就是说自崇祯元年至崇祯十三年，光是两淮的盐税就被贪污了两千余万两。
明朝矿税的比例更低，大明建国之始，朱元章为了恢复民生，将矿税定到了极低三十税一，故洪武年间，明朝的矿税仅仅五千两，永乐年间，明朝的政治、经济和军事得到了飞速的发展，但朱棣因为得国不正，并不敢进行税制改革，朝廷的矿税年仅十余万两。
此后大明历代君王亦不敢违背明太祖祖训，故此至万历朝，大明的商税依旧保持在三十税一。
明朝中后期，由于朝廷连连征战，内廷财政消耗十分严重，国家财政面临严重困境。万历帝为改变这种局面，便下达明旨由商户和地方士绅主持开矿，而朝廷则收取税利，所谓“开矿以济困乏”。万历二十四年，明神宗又下令“开矿抽税，为因三殿两宫未完，帑藏极其空虚，权宜采用。”并派遣大量的矿监被派往全国各地，开始在地方开矿收税。这些矿监，大多都是宫中的宦官。最开始只是在北直隶的一些地区进行开矿收税，但很快就推广全国。繿
万历帝对矿制的改革，极大地增加了朝廷的财政收入，所以朝廷才有力量打赢了赫赫有名的万历三大征。
魏忠贤倒台后，东林党重新上台执政，即以矿税害民，朝廷与民争利为由，奏请崇祯帝将各地的矿监和锦衣卫收回。
彼时，崇祯登基不久，在权阉授首、海晏河清、众正赢朝，圣明天子在位的吹捧声中，崇祯即同意了收回锦衣卫和矿监的条陈，以至于整个崇祯年间，明廷几无矿税和商税可收。
故此在面对东虏不断寇掠辽东和京畿时，朝廷不得不将军饷加诸于社会最底层的农民身上，这便是崇祯朝有名的三饷。
而这三饷就是压垮明王朝的最后一根稻草，直接导致了明末声势浩大的农民战争，李自成、张献忠等流寇，剿之不尽，杀之不绝，其原因就是有无数没有吃穿的百姓主动加入。
马仲英欲增加赋税，以支撑对清军的战事，唯一的办法就是加强地方上的商税、盐税和矿税，而欲使新立的大明朝廷长治久安，这三项税制也必须改革，并且能得到有效的征收。
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