只有少数人还坚持抵抗，他们认为夏军这是在诱骗他们主动自投罗网，再将手无寸铁的他们杀死，因此他们拒绝了投降的勒令，继续与夏军作斗争，对于这部分顽固份子，夏军毫不留情地展开了严酷的镇压行动。
他们逐个房屋逐个房屋的进行排查，甚至收买主动投降的居民作为带路党，将目光中所有拿着武器的本地人全部格杀。
一时间，城内到处枪声大作，其中还掺杂着不时响起的手榴弹的爆炸声和人临死前的惨叫哀嚎，夏军只用了不到一天的时间，就将城内的反抗势力肃清殆尽。
而在城市中心，威严庄重的总督官邸和殖民地议会建筑也被夏军占领，几名线列步兵在战友们的欢呼声中登上楼顶，将那飘扬的荷兰国旗与东印度公司旗摘下扔到楼下，合力将夏军龙旗高高立起，插在荷兰国旗原本的位置上。
荷兰国旗与东印度公司旗帜缓缓落下，最终落在了通向官邸大门的阶梯之上，士兵们没有理会这面象征着战败国的旗帜，他们随意将旗帜踩在脚下，任凭污秽沾染在旗面上。
海山马车夫在南洋的荣耀就此终结，虽然荷兰人还占据着马六甲与斯里兰卡，但他们已经无力回天。
夏军全面入驻巴达维亚城后，才开始对城北的巴达维亚城堡展开围攻，夏军直接将火炮运入城内，架设在街道上对准城墙展开炮轰，同时在城外的火炮也一同开炮，夏军高层并没有能够马上将城堡拿下的信心，只不过是试探性的攻城，想要看看守军的防守力度。
而事实证明，大名鼎鼎的棱堡的确易守难攻，尽管守军人数稀少，又士气低落，仍然能够在夏军的攻城下守住城堡，而夏军的几次试探性攻城都没能讨到好处——他们在用云梯试图攀爬城墙时，都会遭到来自多个方向的守军的射击，即便是试图砸开城门的攻城槌也同样如此。
在付出了数十条人命后，安楚杰和刘洋两位旅帅直接下达了撤退的命令，他们看着那样式奇特的西式城堡，光是看着就知道城堡不好攻打，两人合计了一番，便决定采取长期围困的方法，等待城内的守军弹尽粮绝主动投降，或是等待城堡内出现什么事情能够给他们可乘之机。
做出了这个决定后，夏军将居住在城堡周围的居民全部迁走，对城堡施行全面封锁，而在同时，夏军也开始恢复巴达维亚城的秩序，在城内设立统治。
他们重新统计了城内的居民人口数量，经过为期三天的统计，巴达维亚城内除了逃往城堡的居民外，还有五千五百六十八人，其中汉人人口从原本的占39%变成了如今的59%，在这场战争中，只有汉人没有出现大量的伤亡，而马代客人、欧洲人、欧亚混血与土人的伤亡较多，偌大的城市如今有数道街区空无一人。….既然城内人口锐减，夏军便决定将城外的汉人迁入城内定居，他们取消了荷印政府对汉人在城内定居的限制令，允许汉人随意在城内外定居，同时委任汉人中德高望重的人以及曾经担任过华人官员的汉人作为巴达维亚城的新一批官僚，辅助夏军治理巴达维亚城。
夏军并没有如谣传中进行屠城的举动也让其他族群的居民安心不少，他们见汉人已经重新开始正常的生活后，也都大着胆子走上街道采购必备的生活用品，这些最先上街的居民没有遭到刁难，在他们回家后，更多人也都跟着上了街。
一时间，巴达维亚城的秩序和正常生活恢复了很多，夏军除了在城北靠近城堡的区域设置军事禁区外，其他地方都和战前没有改变，居民们很快就适应了现在的生活。
夏军对内稳固在巴达维亚城的统治，对外也开始与同在爪哇岛上的其他土著王国进行交流。
此时的爪哇岛上除了夏军占据的巴达维亚城外，还同时存在着另外五个王国，分别为巴达维亚城西边的万丹苏丹国，巴达维亚城堡正是因为与该国的战争而修建的，东边还有井里汶苏丹国、马塔兰苏丹国、布兰邦岸王国与巴厘酋长国，这些国家深受***教影响，又经常与荷兰人打交道，但火器普及率还是不高。
在夏军攻克巴达维亚城后，最靠近巴达维亚的万丹苏丹国最先得到消息，苏丹一番深思熟虑过后，认为不应该与夏朝开战，最先派出使者前往巴达维亚，向夏军表达出和平共处的意愿。
而夏军在没有受到朝廷的旨意前，都没有主动与邻国开战的想法，两位夏军旅帅便欣然接受了万丹苏丹的好意，不过他们也提出了条件，要求万丹苏丹派出使团携带贡品前往江宁城朝贡。
爪哇岛上的其他几个国家也同样接收到了这样的要求，夏军在取代荷兰人的战争中的突出表现让爪哇岛上的土著们都感到忌惮，他们为了避免被夏军找到开战的由头，便纷纷派出使团，携带国内的特产和黄金前往巴达维亚城，在夏军的护送下踏上前往江宁城的道路。
巴达维亚城被夏军占领的半个月后，夏军再次展开了军事行动。
这一次的军事行动仍然是针对荷兰人，在完成修缮的东海水师的护送下，一个标的步兵向西航行，这支舰队沿着海岸线不断向西而去，沿途经过的国家皆惊慌地以为是荷兰人的战船打过来了，但在看见那高高飘扬的龙旗后，他们才放下心来。
夏朝在南洋的影响力早已是如日中天，在夏军攻占吕宋群岛后，大量的夏朝商船在南洋出入，苏门答腊岛各国也都有向夏朝进贡的举动，在他们看来，虽然夏军同样在南洋扩张，但夏朝自古就是天朝上国，和千里迢迢从西方而来的殖民者相比，夏朝更加令人感到亲近。….夏军水师在举动没有刻意隐藏，在从巴达维亚港出发的半个多月以后，夏军水师就出现在了马六甲外海，战舰纷纷打开炮窗，将火炮伸出窗外，遥遥对准繁华的马六甲港口，在水师的掩护下，夏军兵船强行冲入港口，意图在港内登陆。
马六甲的荷兰人虽然提前得知了巴达维亚城被攻陷的消息，但荷军在马六甲的军事力量并不多，荷军在港口内拼命抵抗，与夏军开战，双方经过一番激战后，荷军仓皇退守马六甲要塞，将港口拱手相让，夏军顺势攻占港口。
随后，夏军趁势追击，配合水师水路围攻马六甲要塞，东海水师在海面上向要塞展开如狂风骤雨般的狂轰滥炸，实心弹如雨点般砸向城墙，在城墙上留下一道道深陷的凹坑，荷军士兵在这可怕的炮击中只能蜷缩着身子躲在塔楼内，向上帝祈祷炮击赶快结束。
马六甲要塞曾经是葡萄牙人在攻占马六甲后在临海修建的坚固要塞，要塞由8个防御堡垒和塔楼为支点，以砖石城墙相串联，坚固无比，葡萄牙人怎么也想不到他们修建的要塞没能挡住荷兰人与柔佛苏丹国的联军的进攻，却成为了荷兰人抵抗夏军的依仗。
夏军虽然火力凶猛，但陆地上的步兵标缺乏火炮，只能就地砍伐树木，打造攻城器械，一边派懂得荷兰语的使者大声向要塞内的荷兰人劝降，他们声称只要荷军主动开城投降，将会确保他们的人身安全，允许他们在不保留武器的情况下安全的离开马六甲。
或许是巴达维亚城的陷落打击到了这里的荷兰守军，又或是夏军的炮火太过于凶狠，在使者大声重复了几遍劝降的话语后，要塞大门被缓缓打开，守军高举白旗，向夏军投降。
马六甲至此落入夏军之手。
在荷兰人投降后，夏军便开始对他们进行讯问，想要拷问关于援军的事情——夏军自然是清楚荷兰人在巴达维亚城遭到围攻之前派人求援的事情，不过从围城开始到现在已经过去了个把月，荷兰人的援军毛都没见到，这让他们不禁疑惑起来，忍不住想要搞清楚背后的实情。奇书屋
在对荷兰人的讯问之下，投降的荷兰守军回答了这个问题，他们告诉夏军，巴达维亚方面的确派出了使者前来求援，但是马六甲的军事力量较为薄弱，无法分兵前去支援巴达维亚城。
因此，使者只能落寞的乘船前往斯里兰卡，寻求印度方面的支援，不过从马六甲往西进入印度洋以后海况凶险，海盗猖獗，使者乘坐的船只在途中遇难也不是没有可能发生的。
听了降兵的解释，夏军虽然还是有些不解，但也只能将信将疑的信了，他们随后按照约定收缴了荷军士兵们的武器，只给他们留下足够的食物和淡水，便将他们送上了前往斯里兰卡的船只。….……
随着马六甲落入夏军手中，除了还在困兽犹斗的巴达维亚城堡，荷兰人在南洋的据点悉数被夏军拔除，就算荷兰人能够将本土的军事力量全部投射到东亚地区，也恐怕无法挽回败局了。
当南洋的捷报传到江宁城的时候，已经是第二年也就是武安十四年（公元1667年）的一月份了，荷兰人战败的捷报无疑给了正准备迎接新年的夏朝君臣们来了个双喜临门，苏言龙颜大悦，下令给两个水军陆战旅及东海水师的全体官兵丰厚奖励。
此外，关于如何对新占领的南洋海外领土进行治理，朝中又开始了一番争论，海外领土分散且人口较少，各族混杂，难以开展统一有效的管理，若是发生列如巴达维亚围城战中出现的暴动，对于当局的统治根基极其不利。
考虑到巴达维亚城是在南洋新占领的地区中最繁华，也是人口最多的地区，朝廷决定将新的行政机构设置在巴达维亚城内，并将巴达维亚城改回其本名雅加达，将雅加达、马六甲、帝汶岛等原荷兰东印度公司属地皆划入新设的爪哇都司辖区，以雅加达作为都司驻地，从国内派遣经验丰富的官员担任爪哇巡抚，作为最高统治者。
不仅如此，朝廷还批准了安楚杰的请求，在港口反抗荷兰人的汉人苦力中选拔官兵，组建雅加达卫戍部队，用以拱卫雅加达城，防备东西两个方向的***教国家。
在讨论完设置爪哇都司的事情后，朝廷也开始将是战是和的议题摆上了日程——眼下荷兰人在南洋的势力几乎被肃清，只有巴达维亚城堡内的残军还在负隅顽抗，夏军的目的已经达成。
在主张议和的人看来，目的已经达成，荷兰人的势力几乎被彻底赶出南洋，继续开战只会徒劳增加损耗，倒不如见好就收，与荷兰人停战。
而主张继续开战的人则是认为，荷兰人在马六甲以西还有其他领土，应该乘胜追击，继续扩大战果，直到荷兰人主动求和为止。
朝中大臣分为两派吵作一团，苏言也陷入了思考之中，他有心继续西扩，将斯里兰卡从荷兰人手中夺来，但是从马六甲出去一直到斯里兰卡路途遥远，海况复杂，海盗猖獗，执行这个任务肯定会耗费大量的人力物力，只抢占一块小小的斯里兰卡岛屿有点付出大于回报的感觉。
而且，夏朝现在很多地方都在大量消耗着资源，不论是东边还在与德川幕府的战争，还是东南对绝岛的开发，都要投入大量的人力物力，若是再增加一个远征斯里兰卡，恐怕财政会感到非常吃力。
苏言一番思索后，还是决定先就此停战，好好消化一下现在得到的战果，主要建设通往绝岛的中转站，为后续大规模开发绝岛打好基础。
作为苏言亲点的几个中转站中的最后一环，帝汶岛的岛上已经有了葡萄牙人与荷兰人的基建基础，夏军只需要在这一基建基础上扩建一下，就能够担下中转站这一重要任务了。
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