在看到晋军主力都往剑阁跑之后，苻坚大舒了一口气，心中直呼王猛真是料事如神啊，因此便从容带领秦军主力，取道绵竹关，退回到了梁州境内。
只可怜镇国将军邓羌，面对晋军主力的包围，在明知不敌的情况下，为了给苻坚争取更多的撤退时间，依然坚持战斗，最终在桓云与桓温的两面夹击之下，兵力损失怠尽，而邓羌也在身中数箭的情况下，依然喊杀不止，由于勇猛异常，在战至最后一人的情况下，晋军士兵竟然不敢靠近，最终力竭而亡。
顺利退到汉中郡的苻坚在听说了邓羌的事迹之下，再次号啕大哭起来，并追赠邓羌为并州刺史、车骑大将军，追爵真定郡侯。
苻坚连失最重要的谋臣和最厉害的大将，兵力又损失的如此严重，心情可以说是失落到了极点，但是此刻的他来不及悲痛，因此桓温在听闻苻坚逃到汉中之后，连夜又率领部队通过剑阁，已经占领了资阳郡，正向汉中郡奔袭而来。
苻坚本想与桓温一决高低，但是想起王猛临死前给他的建议，最终还是决定率领全军撤回关中，在临走前不解恨的苻坚一把烧掉了古老的汉中古城，熊熊大火整整燃烧了三天三夜，房屋、官舍烧毁无数，三千多户居民无家可归，等到桓温率军赶到之时，汉中城已经被大火毁于一旦。
苻坚依计率领秦军主力顺利通过斜谷、骆谷、子午谷三条谷道退回关中之后，为了防止晋军通过，每个谷口留下了一万精兵据险把守，然后才率领众将回到了长安。
而事实也果然如王猛所料，在苻坚率领秦军刚刚通过三条谷道，桓温率领的晋军就已经尾随至谷口，但是因为前锋部队造到了苻坚留下的精兵的阻击，三条谷道又十分的狭窄，桓温自然明白有重兵把守的情况下再通过三条谷道至关中已经不可能，便愤然离开了谷口。
苻坚好不容易率领疲惫之师回到了长安城，沿途收集溃败的士卒，到长安时竟也有十万之众，百官、仪物，军容粗备。
返回长安的苻坚，其实并不轻松，此刻的前秦依然危机伺伏，桓冲率领的北路军和桓豁率领的东路军攻势依然猛烈，而经过益州一役前秦国内的预备兵力又损失怠尽，不得已，苻坚只得依照王猛生前遗言，决定派其他胡族部队前往各地支援。
首先苻坚派冠军将军慕容垂为主帅、由长乐公苻丕担任监军，率领鲜卑部队前往前往西河郡阻击晋军，以建义将军翟斌为主帅、以高阳公苻方为监军，率领丁零族部队前往平阳郡阻击晋军。
苻坚本想再派扬武将军姚苌前往朔方郡支援匈奴铁弗部的刘卫辰，但是苦于长安地区兵力匮乏，秦国的主体民族氐族的军队都被派往各地征战，仅存的氐族部队又要益州损失怠尽，长安乃京畿重地，不能不防。
为此，苻坚经过深思熟虑后，觉得羌族部队投降秦军最久，十几年的时间里也一直忠心耿耿，自己对姚苌又不错，因此苻坚决定再次违背王猛的遗言，选择留姚苌率领羌族部队守卫长安。
同时，苻坚还派出自己的得力干将吕光接任凉州刺史，替苻坚经略凉州，吕光是前秦故太宰吕楼婆之子，吕楼婆自苻洪时代就追随苻氏，忠心耿耿，因此吕光在政治上绝对靠得住，让吕光代替自己经略凉州，以便在万不得已之时退守凉州，苻坚很放心。
经过益州一役，秦军主力氐族部队损失殆尽，明眼人都看得出秦国命不久矣，而慕容垂由于自己的精明，在关键时刻选择了保存实力，也成为青衣江之战中遭受损失最少、实力保存最完整的部队，这也就给了慕容垂脱离秦军独立的本钱。
正如王猛所言，慕容垂雄才大略，英武过人，绝非久居人下之人，此次苻坚派慕容垂出兵征战，使慕容垂得以逃出樊笼，如鱼得水一般。
虽然有苻丕在军中担心监军，还有少量的氐族部队跟随，但是毕竟人数太少，慕容垂是鲜卑慕容部的大英雄，深得鲜卑将士们的爱戴，而鲜卑部队因为都同属一个部族原因，凝聚力非常的强，这也就成了慕容垂秦军独立创造了条件。
慕容垂不想把兵力消耗在与晋军的对峙当中，虽然此时他的手里有三万余人，但是面对晋军的十万大军依然兵力见肘，因此慕容垂决定秘密募兵。
于是乎，在行走至新安县之时，慕容垂以兵力过少为由，决定在当地募兵，由于新安原为前燕统治旧地，鲜卑遗民众多，慕容垂又是鲜卑族的大英雄，因此从者云集，不几日便募得八千余兵力。
眼看慕容垂募兵越来越多，随行监军的苻丕担心慕容垂实力大增之后难以控制，于是便以驻守新安的广武将军苻飞龙商议“现在慕容垂借抵御晋军为由大肆募兵，兵力大增，如此以往，恐难以控制啊。”
苻飞龙也是甚是担心，于是便对苻丕说道：“慕容垂在燕时因为家破人亡难以自立而投靠圣朝，又蒙圣上超常之遇，不思报效朝廷，却大肆募兵，大有反叛之意，昔垂即不忠于燕国，又怎可能尽忠于我朝呢？不如趁其羽意未丰之际，趁机袭而取之。”
苻丕认为甚是有理，但是因为氐族部队人少，不可硬攻，只可智取，于是便决定夜半三更，趁鲜卑士兵熟睡之时突然袭之慕容垂之营帐，趁乱直取慕容垂性命。
然后，苻丕与苻飞龙的计策早已被帐外的参军石越听了个一清二楚，石越是鲜卑族人，自然心向慕容垂，于是便立即找到慕容垂并向他汇报了这一情况。
慕容垂也是大吃一惊，但是继而微微一笑，心想自己正苦于没有造反的理由，现在好了，这是送上门来的好事啊，于是便决定将计就计，提前将部队分散在营地外围，自己的营帐外只留少许兵力以作诱饵。
等到夜半三更时分，苻丕与苻飞龙果然带着氐族士兵突然出现在慕容垂的大帐之外，他们在利索的解决了外面的护卫士兵之后，冲进慕容垂的营帐就对着床榻乱砍乱戳，但是士兵掀开被子一看，床上竟然躺着的是稻草人。
苻飞龙只感到一阵眩晕，大呼上当之时，帐外突然鼓声大作，慕容垂率军前后夹击，全歼氐族士兵，慕容垂感念于苻坚的礼遇之恩，因此并没有杀死他的长子苻丕，但是却将苻飞龙砍了脑袋。
随后慕容垂给苻坚修书一封，信中详细说明了杀死苻飞龙的原因，同时还在信中向苻坚说明自己要光复燕国的志向，因此不愿再在秦国手下为臣，同时表示愿意将苻丕送还，以答谢其在秦国之时的收留之恩，从此之后二人各为自已的部族，不再是臣属关系。
慕容垂将俘获的氐族士兵连同苻丕一同放行，他没有选择反攻长安，毕竟苻坚对他有恩这是事实，所以他不愿意与苻坚为敌。
于是慕容垂继续率军前进，趁晋军主力集中在西河郡，后方军力空虚之际，率军攻占了荥阳。
在荥阳，慕容垂自称燕王，重新树起了燕国的大旗，同时大封群臣，以其弟慕容德为车骑大将军，封范阳王；其侄慕容楷为征西大将军，封太原王；为了拉拢丁零族，又遥封丁零部领袖翟斌为建义大将军，封河南王；余蔚为征东将军，统府左司马，封扶余王；卫驹为鹰扬将军，慕容凤为建策将军。
重建燕国之后，慕容垂声势大振，在短时间内募兵十余万人，声势浩大，随即从石门渡黄河，直扑前燕都城邺城。
苻丕狼狈逃回长安后，将慕容垂的书信递给苻坚看，苻坚看后当场气出一口老血，他立即找来尚在长安城的燕国末代君主慕容伟，大骂慕容部忘恩负义，但是骂归骂，骂完之后苻坚依然不忍加害慕容伟，因此便悻悻而去。
但不慕容伟受此惊讶之后，深感自身难保，同时又对慕容垂光复大燕心有不甘，因此便写信给在北地郡任太守的亲弟弟慕容泓，让他抢在慕容垂之前重建燕国，以便以燕国皇帝的名义重召旧部，复兴大燕。
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